本作では、日本の自然の守り神・護国三聖獣の一体「富士の樹海の氷穴で眠っていた。成長が遅いため、1万年の眠りから覚めると完全体となり、地・海・空すべてを支配する最強の聖獣となるという。しかし不完全体で目覚めたため、翼も折り畳まれた状態であり、飛行も光線攻撃も不可能である。唯一の武器はサンダースパーク（かみつき攻撃と同時にスタンガンの要領で電気ショックを与えるかたちでの攻撃）。ゴジラとモスラの闘いに割って入り、かみつき攻撃を仕掛けるが、ゴジラに投げられてあえなく気絶し、結果としてふたたびモスラに孤軍奮闘を強いることになる。 ゴジラと海中で戦ったあとに浮上し、追ってきたゴジラに引力光線で攻撃するが、ゴジラはこの光線をも吸収したうえに熱線と合わせて放射し、これを至近距離で食らったキングギドラは爆発四散。その直後、護国三聖獣のゆらぎ（ギドラ、キングギドラを通して本作における立場上、ゴジラにとっては敵であることに変わりはないが、怨念を宿して破壊を続けるゴジラを止めるために戦う存在で、過去作のキングギドラとは異なり、バラゴンやモスラとともに「クニ」をゴジラから護る守護神として描かれている。伊佐山教授の持っていた石（古代のディスク）を吸収してダウンした状態から復活したり、橋から転落した立花由里に口から水を噴出させ、海面落下衝撃を和らげて救うといった、他作品のキングギドラでは見られない行動も見せる。

怪獣自動販売機で販売されており、価格は1千万宇宙ゼニーで、ランクはスペシャルグレードA。地球に戻る途中で、ザグレスが購入する。尾以外はすべてメカで、両翼の形状が生身のキングギドラに近い。翼が大きく足が太い。また、カラーリングもメカキングギドラと比べると全体的に黒ずんだ色合いをしており、ところどころに赤い三角形のマーキングがある。武器は赤色のレーザー光線に加え、中央の首から吐く氷付け光線に命中したものはたちまち氷漬けになり、ゴジラも一時冷凍される。全体的な戦闘力も通常のメカキングギドラより高く、最高級品にふさわしい性能を有する。このほか、身体の一部が破損しても内部から修復プログラムを起動することで、自己修復が可能。

失われた中央の首のほか、胴体や翼と尾の先端、3つのロックオンサイトで光線の照射を操作し、コックピット内に追加されたタッチパネルで3つの長い首の神経に命令を伝達して、ゴジラに巻きつく、かみつくといった動作を行わせることができる。その巨体ゆえに敏捷な起動は難しく、2枚の翼は機械製になっているため空気を捕らえて浮力を得ることも難しい。そのため、飛行はホバリングが主になっている（能力は高く、破れた状態でもゴジラをつり下げたまま飛行する）。この能力を利用して、転倒した状態から一瞬で起き上がることが可能である。KIDSと合体しているため単独でのタイムワープが可能。その残骸の一部は、2年後のなお、劇中では未呼称で、名前が呼ばれるのは『vsメカゴジラ』の冒頭ナレーションでのみ。

（各作品共通） 頭の角の形状と生え方および首のひれの形状はそれぞれの首で違う。なお、モンスターXの額には三日月型の角があったが、変身後のそれに当たる中央の首にはそれがない（左の首の額に三日月型ではないが、そこから角が生えている）。またキングギドラの首の根元は、左右が前の方に、中央が後ろの方に付く配置だったが、カイザーギドラは逆で、中央が前に付いている。設定では飛行も可能だが、翼はキングギドラやデスギドラよりも体の大きさに比べて小さい。 通常のメカキングギドラ同様、「ハイパーメカギドラ」と呼ばれることが多い。『宇宙船 YEAR BOOK 1999』では着ぐるみは『大怪獣総攻撃』のスーツの首を延長し、従来通りの操演で動かすように改修した（元のスーツでは両腕で首2本を操作するという独特の構造であり、そのために首が太く短かった）ものであり、昭和のギドラにかなり近いフォルムを持っている。『3』での登場テーマは『宇宙から飛来した宇宙超怪獣キングギドラは、数々の怪獣を倒したゴジラの前に立ち塞がり、大都市で激闘を繰り広げる。首を噛まれるなどの激闘のすえ、ゴジラの熱戦と引力光線がぶつかった大爆発で市街地は焦土と化す。 凶暴電波が消えて正気を取り戻したゴジラのもとへザグレスによって送り込まれ、ゴジラ、ラドン、子モスラと交戦して海に転落するが、ザグレスのヴァバルーダが放った「滋養強壮赤マンダドリンク光線」を浴び、3倍にパワーアップして復活する。しかし、ゴジラを圧倒するもトレマのミラクル念力を受けた影響で押されていき、宇宙へ退散する。 金星をはじめ地球などの惑星で破壊活動を行う理由や目的は不明であるが、「引力光線の形は前作と異なる（『怪獣総進撃』も同じ）。 飛行用の3分の1スケールのミニチュアもキングギドラを改修して使用され操縦席のセットには排水口の網や鍋の蓋などキッチン用品を塗装・改造したものが使われている『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』に登場。 キングギドラ F.F.B. キングギドラをかばってゴジラに敗れたモスラのエネルギーを吸収し、地・海・空のすべてを制覇する完全体となった姿。閉じられていた翼が開いて飛行できるようになり、ゴジラの熱線を黄金の粒子で跳ね返し、ビッグスパークボールとして撃ち返したり、口から引力光線も吐けるようになる。引力光線を吐く際は黄金に輝く。動きも機敏で、ビッグスパークボールで海中に没したゴジラに撃破の突破口となる肩の傷も開かせ、海中でも背後から羽交い締めにして動きを封じて一時は優位に立つ。しかし、その傷口に向けて放ったさつまのD3削鋼弾を回避するために身をねじったゴジラの盾になるかたちで浴び、形勢が逆転する。 第6話では有利なはずである金星でゾーンファイターと戦うが、3本の首をそれぞれ滅茶苦茶にへし折られたあげく、ミサイルマイトを大量に受けるなどしてまたしても敗北し、宇宙に逃げ帰る。絶命には至らないが、隊員は「キングギドラはもう立ち直れない」と発言する。 デザインは着ぐるみは鱗を1枚1枚貼り付ける手間のかかる手法をとっているため1着しか造られず、海底での中央の首のないものやメカキングギドラなどにも使いまわされている使用したメカギドラとの対比として「生ギドラ」とも呼ばれており、映画本編とは逆に撮影ではメカギドラでの新宿決戦から先に撮り、その後でこの生ギドラとなって映画中盤のシーンを撮影したあと、北海道の戦いで使われた。 最近チェックした歌詞の履歴この歌詞をスマホで見る 姿はキングギドラに似ているが、体表にはうろこがなく、体色は黒で四足歩行。復活したばかりの不完全体では、翼が短過ぎてまだ飛べないため、4足で歩く。武器は口から吐くモスラ親子の挑発に乗り、公開当時にその正体は不定形のマグマ状生命体であり、『モスラ超全集』やノベライズ版によれば、その姿はかつて交戦したキングギドラや、中生代の恐竜やデザインは吉田譲キングギドラとの差別化のため、四本足の怪獣としてデザインされた造形物は着ぐるみのほか、25分の1スケールの飛行用と首の可動ギミックを内蔵した小型のものの3種類が造られたパンフレットによれば、3つの首は操演時の区別のため、右からそれぞれ「映画『モンスターX、カイザーギドラともに、デザインはスマートな2足歩行のフォルムを持ち、2本の角が生えた頭部に加え、両肩にも骸骨を縦に2等分したようなものがついている（カイザーギドラになるときはこれが伸びる）。体色は銀色と黒色で尻尾の先は2つに分かれている。 宿敵ゴジラを倒すべく亜空間から登場する。かみつきや引力光線でゴジラに挑む。姿は『大怪獣総攻撃』のもので、鳴き声は『vs』版。 知能は高く、南極にて復活したゴジラにガイガンが倒されたあと、X星人が呼び寄せたさらに改造ガイガンとタッグを組み、ゴジラを挟み撃ちにして戦いを優勢に進めていくが、地球人によってX星人が倒されたあと、モンスターXがさらなる変身を遂げた姿。戦闘力はキングギドラをしのぐ設定によれば、モンスターXの外骨格はカイザーギドラとしての肉体を保護する反面、これを失うことでカイザーギドラの防御力はモンスターXとしてのそれよりもいくらか劣るとされている。 「ゴジラシリーズ」の怪獣の着ぐるみは作品が異なると別の着ぐるみが作られていることが珍しくないが、キングギドラに関しては同一のものが修復と改修を繰り返されて9年間使用されているデザインは着ぐるみの重量は80キログラムほどあったという独特の鳴き声は初代キングギドラ。かつて富士山の裾野にてなおも暴れ回るなか、幼虫モスラに挑まれるが、歯牙にもかけず軽くあしらう。その窮地を見かねたゴジラとラドンが参戦したことで3大怪獣と戦うことになるが、1対1ではゴジラをも圧倒するパワーとラドン以上の速度と飛翔能力をもって、3大怪獣を苦しめる。しかし、ゴジラが引きつけているあいだに背後からラドンに乗ったモスラによって大量の糸を吐きかけられ、がんじがらめにされて動けなくなったところをゴジラに放り投げられて戦意を喪失し、宇宙へ逃げ帰る。